Mengetuai Tanganyika

Tanganyika menjadi sebuah republik setahun selepas merdeka pada 9 Disember 1962,[15] dan Nyerere berpindah ke State House di Dar Es Salaam yang menjadi tempat kediaman presiden.[16] Beliau tidak menyukai keadaan tempat kerjanya yang diumpamakan sendiri seperti suatu "penjara"[17] lalu hanya berada di situ selama 3 tahun sehingga 1966.[17] Julius melantik Rashidi Kawawa sebagai timbalannya.[18]

Penggabungan bersama Zanzibar

Berikutan Revolusi Zanzibar yang menjatuhkan Kesultanan Zanzibar, Abeid Karume dijadikan Presiden di mana beliau mula merampas tanah milik orang Arab untuk diagihkan semula kepada para petani berbangsa Afrika.[19] Ratusan orang Arab dan India serta masyarakat warga British berhijrah keluar dari pulau tersebut.[19] Sementara itu, Julius sendiri terkejut dengan perkembangan yang berlaku di pulau yang berjiranan itu namun beliau cepat menerima keadaan demikian. Pemerintahan beliau mengiktiraf negara tersebut sambil itu membenarkan Sultan Jamshid bin Abdullah singgah di Tanganyika sebelum berangkat dalam buangannya ke London.[20] Beliau menghantarkan sebanyak 300 anggota polis ke pulau tersebut demi meredakan keadaan di sana.[21]

Kuasa-Kuasa Barat teragak-agak mahu iktiraf pemerintahan Karume[22] sehingga mendatangkan kemarahan kepada Nyerere atas kegagalan mereka memahami situasi di Zanzibar.[23] Nyerere berjumpa dengan Karume di Zanzibar pada bulan April,[24] di mana mereka bersama setuju Tanganyika dan Zanzibar bergabung sebagai sebuah negara yang baru.[24]